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安全性評価に高速塩基配列検索ソフトGGGenomeパッケージ版を導入

株式会社レトリバ
クラウド型ゲノム編集支援オープンプラットフォーム「Genome Editing Cloud」における安全性評価に「GGGenomeパッケージ版」を導入

株式会社レトリバ(本社:東京都新宿区、代表取締役 河原一哉)は高速塩基配列検索「GGGenome パッケージ版」がプラチナバイオ株式会社(本社:広島県東広島市、代表取締役CEO:奥原 啓輔、以下「プラチナバイオ」)に導入されたことをお知らせします。





導入背景

プラチナバイオは、2023年の正式ローンチを目指し開発しているゲノム編集支援オープンプラットフォームGenome Editing CloudにレトリバのGGGenome パッケージ版の採用を予定しております。ゲノム編集は品種改良などで利用する技術であり、対象とする品種のゲノム情報がなければ、それだけ意図しないゲノム改変が加わるリスクが増大します。そのためゲノム編集には安全性評価が必要とされています。
GGGenomeパッケージ版は、シンプルな静的APIを備えており、クラウドサービスと連携させることも容易で、安全性評価に必要な縮重塩基表記やギャップ(バルジ)型オフターゲットの検索といった複雑な要求に対応できました。さらに公共データベースに掲載されているゲノムだけでなく、企業や研究者が解読したゲノム情報や独自に持っているゲノム情報をデータベースに追加することが可能なため、商用サービス用途での安全性評価にも対応可能となるとの評価をいただきました。
https://gggenome.retrieva.jp/exam_ptbio


プラチナバイオについて

プラチナバイオは、広島大学ゲノム編集イノベーションセンター・山本卓教授らの最先端ゲノム編集技術「Platinum TALEN」を核にして設立されたスタートアップ企業です。JST産学共創プラットフォーム共同研究推進プログラム(OPERA)、共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)等、産学共創の取組を起点にゲノム編集とバイオDX技術の社会実装を加速させながら、持続可能な開発目標「2番:飢餓をゼロに」、「3番:すべての人に健康と福祉を」、「7番:エネルギーをみんなにそしてクリーンに」、「9番:産業と技術革新の基盤をつろう」の達成に貢献します。
特にバイオDX事業では、ゲノム解析・RNA-seq技術を活用し、CRISPR-Cas9・TALEN・ZFNを含めたゲノム編集ターゲットの特定サービスを展開しています。本取組とのコラボレーションによりゲノム解析から編集まで一気通貫で行えるトータルパッケージを提供し、付加価値の大きなものづくりの実現を目指します。
代表:代表取締役 CEO 奥原 啓輔
所在地:広島県東広島市鏡山三丁目10番23号
https://www.pt-bio.com/


GGGenome パッケージ版について

GGGenome パッケージ版は、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(以下DBCLS)の提供するGGGenome ウェブ版と同様に、類似した塩基配列の検索を高速に漏れなく行うソフトウェアです。インターネットに接続することなく、自社内のコンピュータ上で使用することが出来るため、検索塩基配列を秘匿化することができるとともに、インターネットサービスでは負荷が大きく不可能であった大量の検索を行うことができます。GGGenome パッケージ版 創薬基本パックには、創薬研究に必要なヒト、マウス、ラットをはじめとする7種の生物種のゲノムや転写産物が幅広く含まれており、すぐに検索を実施することが可能です。
製品紹介サイトでは、GGGenome 開発者であるDBCLS内藤特任助教のインタビュー記事や一般社団法人化学物質評価機構(CERI)での導入事例も紹介しております。
https://gggenome.retrieva.jp


株式会社レトリバについて

株式会社レトリバは「ことばを、知識に。」をビジョンに、自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとした検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しております。
所在地:東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル32階
代表者:代表取締役 河原 一哉
資本金:1億円
事業内容:自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売・導入およびサポート
https://retrieva.jp/
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