肺炎球菌は上気道の常在菌で、しばしば肺炎球菌感染症や
中耳炎の原因となりますが、組織侵入性が強いため、血液や髄液に侵入して菌血（きんけつ）症・
敗血症、
髄膜炎、菌血症を伴う肺炎などの侵襲性肺炎球菌感染症をひき起こします。小児と高齢者に多く、小児では菌血症や髄膜炎、高齢者では菌血症を伴う肺炎の頻度が高くなります。
治療にはペニシリン系、セファロスポリン系、カルバペネム系などの抗菌薬が有効です。
予防には
肺炎球菌ワクチンの接種が有効で、現在、小児に対しては結合型ワクチンの定期接種がおこなわれ、小児の侵襲性肺炎球菌感染症は著明に減少しつつあります。
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